Бесшумный флот

После поражения Мьюри Ундзэн от Медаки Куроками и студенческого совета Академия Хаконива временно вернулась к обычному режиму работы. Медака, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзиме сталкиваются с новой угрозой, превосходящей предыдущие по сложности и опасности. В академии возобновляются странные события, когда выясняется, что директор школы скрывает свои намерения и разработал нечто под названием «План Флакона». Этот план предполагает использование методов тирании и манипуляций, которые распространяются на окружающее пространство.

Основная опасность исходит от группы новых студентов, именующих себя «Партия тринадцати». Эти сверхспособные молодые люди под руководством харизматичного и самоуверенного Удо Мияконодзе создают проблемы для студенческого совета. Удо обладает значительной силой и разрабатывает коварные планы, направленные на захват власти и разрушение установленного порядка. Ситуация усложняется появлением старого врага, который был побеждён ранее, но вернулся для завершения своих целей.