Оркестр Фудзими

События разворачиваются в вымышленной версии периода Эдо, где власть сохраняет сегунат Токугава, однако в реальности страной управляют пришельцы. Местное население сосуществует с представителями разных инопланетных рас, что создает социальное напряжение. Некоторые жители смирились с новым порядком, но небольшая группа самураев продолжает вести подпольную борьбу против оккупантов. В их рядах отсутствует единство: в движении участвуют как идейные борцы, так и бандиты, сотрудничающие с чужаками.

В районе Кабуки повседневная жизнь идет своим чередом. За два года, прошедшие с событий первого сезона, ключевые персонажи претерпели изменения. Синпати Симура, ученик главного героя, стал сильнее и увереннее. Гинтоки, владелец агентства по решению любых проблем, превратился в опытного бойца, его тело покрыто шрамами. Члены его команды вновь собираются вместе, чтобы участвовать в новых столкновениях и противостояниях, связанных с борьбой против установленного порядка.